Non, la séparation des couches passe principalement par une séparation réelle dans des fichiers différents. Le but c'est aussi le concept "separation of concerns" ; en fait on essaie définir des couches différentes pour chaque spécialité (HTML, SQL, etc...). Regardes sur le net du côté de "application N-tiers"
 
En gros ça donne (à la va-vite) :
 
1a - filtres divers sur la requête (ex: configurations, choix de la langue, parfois gestion du login)
1b - contrôle pour déterminer l'action à effectuer (peut être considéré comme un filtre, peut remplacer l'URL-rewriting)
1c - vérification des formulaires
1d - réalisation de l'action (utilise 2a)
1e - renvoie la réponse (utilise 2b
 
2a - modelisation, on parle aussi de business model (utilise 3)
2b - vues (en php on parle souvent de templates)
(je met les deux ensemble parce qu'ils sont à peu près au même niveau même s'ils n'ont rien à voir au niveau structure N-tiers
 
3 - DAO, accès aux données (utilise 4)
 
4 - persistence, donne un accès aux données en cachant la base de données et en gérant les transactions et autres détails du genre (utilise 5)
(le principe de la partie 4 est assez récent, j'ai jamais vu en php et peut être évité)
 
5 - bases de données (plusieurs bases possibles si la couche 4 est présente)
 
Séparation des couches, ça veut dire un fichier différent pour chaque point (et par objet à utiliser). Bon tu peux faire moins si tu veux pas un MVC complet mais il faut au moins essayer d'avoir 4 couches :
- contrôles généraux dont le choix des actions à effectuer
- model/gestion des formulaires/actions
- templates
- DAO
 
Voilà et surtout, évites de mettre du code HTML dans un code PHP, même avec des echo "<p>truc</p>"; C'est même pire. Le but quand tu développes, c'est de pouvoir maintenir/corriger/faire évoluer ton code rapidement. Celui qui a pour but d'avoir un site web qui marche rapidement, c'est pas le codeur, c'est celui qui paye pour avoir un site. Dans ton cas, tu sera quand-même plus du côté codeur ...