Rien à voir, le .activate va passer le classeur en "actif" donc oui la macro va s’exécuter dessus mais ce n'est pas le problème. Le problème c'est de sélectionner lequel est à activer. Ici tu actives le premier sans savoir lequel sera le premier. T'assurer d’exécuter la macro dans le bon classeur c'est une dizaine de lignes assez simples au max. Pour vérifier une "extension" tu peux split le nom avec le point et garder la dernière occurrence. Pour vérifier si un nom revient à chaque fois tu peux utiliser InStr, quand tu sais que tu as des longueurs fixes tu peux utiliser les fonctions Left, Right et Mid complétée de Len (longueur totale de la chaîne).
 
De manière générale, le .activate est à éviter, tu n'en as pas besoin, suffit d'utiliser le With. D'ailleurs je corrige mon exemple (pas besoin de repréciser Wbk à l'intérieur du With, c'est tout son intérêt) :