Je suis sur Arch, mais je crois que je peux répondre sur ce point, vu que Pamac a été porté dessus.

1. Les orphelins sont les paquets généralement installés comme des dépendances d’autres logiciels, et/ou qui ont dû être installés pour permettre l’installation d’un autre logiciel (mais uniquement pour ça). Ce sont donc des paquets qui ne sont plus utiles et dont tu peux te débarrasser sans souci (sachant que lorsque tu mettras à jour le logiciel qui les a nécessités, tu te les coltineras à nouveau). Sache qu’ils ne seraient pas marqués orphelins si tu les installais explicitement.

2. La première case indique que tu commences par rechercher sur AUR en priorité, plutôt que d’abord sur les dépôts officiels de la distribution.
La deuxième case indique à Pamac d’inclure les logiciels installés depuis AUR dans le processus de mise à jour de la distribution (équivalent d’un « yaourt -Syua » plutôt qu’un « sudo pacman -Syu », donc). Mais étant donné que les paquets d’AUR nécessitent une compilation, si tu en as installé un qui a nécessité un long moment de compilation pour s’installer, tu devras de nouveau te farcir toute cette attente à chacune de ses mises à jour… Par exemple : Avogadro, un logiciel de modélisation 3D de molécules, a nécessité 32 minutes à lui seul pour être installé sur mon PC (un Core 2 Duo à 2,13 GHz, avec 4 Gio de RAM, pour situer), sachant qu’avant de s’attaquer à la récupération de son PKGBUILD, j’ai dû installer des dépendances liées à Python – dispos dans les dépôts officiels, donc c’est allé vite – et un autre paquet AUR qui a mis deux minutes à compiler…