Avant que j'oublie, merci pour ton test.
 
Il y a les cgroups qui peuvent prioriser les accès disques. Chez moi, ce n'est pas activé et je ne me suis pas trop documenté mais c'est peut-être actif chez toi et c'est possible qu'il y ait une configuration par défaut pour ce genre de cas ?
 
Et le IO scheduler peut jouer aussi (grep . /sys/block/sd*/queue/scheduler), j'avais testé "bfq" et "mq-deadline".