N'importe lequel, tu peux même faire tourner Metacity avec KDE... Et tu peux également faire tourner des application Qt sous Gnome ou GTK sous KDE, rien n'est interdit.
 
Concernant Gnome vs KDE, j'avais un peu le même avis au moemnt où j'ai switché, puis je me suis rendu compte que la plupart du temps, les applications Gnome ont moins de fonctionnnalités, mais sont plus efficaces et plus ergonomique pour un usage courant. Donc en général, j'utilise les applications Gnome au quotidien et je passe sur une application KDE en cas de besoin. Ou plutôt que d'utiliser une application qui a plein de fonctions dont des avancées, j'utilise deux applications Gnome, l'une orientée simplicité, et l'autre orientée fonctions avancées.
Par exemple, j'utilise MPD + Sonata en lecteur audio orienté bibliothèque musicale alors que j'ai commencé avec Amarok, et je passe sous EasyTAG lorsque je dois tagger mes morceaux (sans parler des tags propres à Amarok qui mettent une belle merde parfois).