ça fait des années que je n'ai pas installé windows, donc je peux me tromper... MAIS :
1. booter via grub sur un ISO = booter sur un CD
2. Tu installes windows sur un HDD intégré au PC
3. tu débranches ta clé/ton disque avant de redémarrer le-dit HDD. Car lorsque tu redémarres ton PC, tu repasses toujours par la case du bootloader. Si tu démarres sur ta clé (et si le BIOS est configuré de la sorte), ce sera celui de la clé (Grub ou autre, selon ce que tu as choisi). Si tu démarres sur le HDD, la préinstallation de windows aura déjà pris soin, je pense, d'y installer le sien (je crois qu'il s'appelle NTLDR).
 
Tout ça remonte à mes années 2000/XP, ça a peut-être évolué depuis. Notamment avec les partitions GPT et bios UEFI, auxquels je comprends que dalle !