T'utilises le driver moderne PATA_VIA ou l'antiquité dans la section dépréciée (BLK_DEV_VIA82CXXX) du kernel ?
Je ratisse large parce que, pour l'instant, je vois pas trop par quel bout prendre ton problème.
Si je me rappelle bien, faut un driver moderne passant par libata pour que l'émulation scsi fonctionne.
 
Pour l'instant, je pars du principe qu'une mise à jour quelconque à mis le foutoir. C'est mieux que l'autre hypothèse qui dit qu'un contrôleur IDE Via étant matériellement bugué par nature, ton FS est corrompu d'une façon ou d'une autre (et le sera à nouveau tant que t'actives pas le bon workaround - voir les options du module).