Tu peux tout faire passer par ssh, fichiers, interface graphique, etc. Ne te jette pas sur FTP. (d'ailleurs tu voulais faire du vase clos au début, non ?)
 
Pour l'instant je commencerais par ssh (30 sec le temps de l'installer et de l'activer à chaque boot), puis le mailer daemon pour t'avertir des pannes, du remplissage du HD avec tes séries télé, des problèmes éventuels etc. Après samba, pour stocker tes fichiers, puis un service "à la NX" si tu t'en sens la force (freenx est très pratique). Ensuite la redirection du port 22 de ton firewall vers ton serveur (mot de passe solide, hein, avec un user non-root, non-john).
 
Là t'as déjà un truc exploitable. Bon ensuite forcément tu vas devoir tout recommencer à zéro puisque tu vas t'apercevoir que t'aura pas la place sur ta partition pour tes séries télé et que t'aura oublié le RAID par dessus le marché, et au final tu enverra tout le monde chier parce que t'aura oublié de faire une backup de ton .bash_history et de ton smb.conf avant le formatage. Mais on est tous passé par là.