Aucun mal à faire ça je trouve, je fais pareil sur HDD (disque dur de 20Go ou 40Go)
 
Pas de pitié à avoir, on ne fait pas non plus des /boot et des /var séparés pour le plaisir de gâcher de l'espace et d'être embêté quand c'est plein.
 
Des copies des home sur le gros disque dur (en cas de besoin, de réinstall..) je pense que cela devrait se faire très bien avec un simple "cp -a".