Je le fais sur mon netbook sous Arch, j'ai simplement spécifié l'emplacement du cache dans la config de yaourt vers /tmp/yaourt_cache, mon /tmp étant en tmpfs    
 
Yaourt m'insulte seulement parce qu'il ne trouve plus l'ancien cache et doit donc le recréer, mais rien de plus.
Effectivement, ça pose le problème lors de grosses updates, ne pas oublier de nettoyer le cache après.