Ton fichier source et tes images sont-ils OK ? Elles sont bien à 300 ppp après traitement ?  
 
Je ne vois qu'une chose :
Un mauvais paramétrage des champs au moment de l'exportation en PDF depuis Indesign.
Par exemple un aplatissement des transparences en basse définition.
 
Quels étaient tes réglages ? As-tu utilisé le distiller, si oui avec quel job option ?
(ta pixellisation pourrait être une compression jpeg excessive due à l'emploi d'un mauvais job option… )
 
C'est effectivement rageant ce qui t'arrive (surtout si c'est toi qui a fait les prises de vue avec un compact actuel 8/10/12 Megapixels)  
car le rendu, contre ta volonté,  fait bien amateur.    
 
 
Pour le coup, dans l'ordre des priorités, des images nettes prévalaient sur le bon emploi des liste…  Très rageant (nomdudju !).