Non seulement - cela va de soi -, les transports de déportation et de transfert des Juifs n'ont pas été effectués à l'insu de la SNCF mais, durant l'été 1942, des représentants de la SNCF ont participé à l'élaboration des conditions techniques de transports ferroviaires à la rafle du Vél' d'Hiv' et la livraison des Juifs de zone sud en zone nord, aux autorités allemandes. Les transferts des camps d'internement aux gares d'embarquement ont été effectués au vu et su des populations locales et des cheminots, de même que les chargements dans les wagons à marchandises, de même que les conditions de "transport" tout au long des trajets et pendant les stationnements.
 
Ces transports relèvent de programmes élaborés par la HVD Paris et le service de liaison du Mouvement, ainsi que par la Délégation technique SNCF à Vichy, en particulier les transferts de zone sud vers la zone nord ou les transferts entre le Vél' d'Hiv et les camps du Loiret. Ils entrent également dans le cadre des conférences horaires européennes, comme la plupart des convois de déportation. Le matériel roulant utilisé est probablement allemand dans les débuts, les autorités allemandes souhaitant rapatrier le matériel de la Reichsbahn vers le Reich ; puis français car constituant parfois un prélèvement déguisé ; puis indifférencié par l'introduction de la banalisation, d'abord de fait, puis dénommée "utilisation réciproque" ; en ce qui concerne le matériel moteur, il est français jusqu'à Novéant (point-frontière Région Est-ancien réseau AL). Ces convois sont formés, dirigés et conduits par les cheminots français, en vertu du principe de la division des Compétences, exécution française et surveillance allemande.
 
Des cheminots ont manifesté des actes de solidarité, individuels et isolés, avec les persécutés. Aucune protestation contre ces transports émanant de la SNCF ne figure ni dans les archives, ni dans les témoignages.