Dans son référé, la Cour des comptes estime que « les effets des plans Écophyto demeurent très en deçà des objectifs fixés ». En particulier, l'objectif de diminution des produits phytopharmaceutiques de 50 % en dix ans, fixé en 2009, reporté en 2016 à l'échéance 2025 et confirmé en avril 2019, assorti d'un objectif intermédiaire de - 25 % en 2020, est « loin d'être atteint ». Au contraire, leur utilisation a progressé de 12 % entre 2009 et 2016. Plus globalement, la Cour des comptes relève que « les objectifs clés fixés en 2009 sont très loin d'être atteints ».