Hormis l'accès à plusieurs millénaires d'oeuvres libres de droit, et une totale indépendance par rapport à Amazon, c'est vrai que le epub n'a pas grand chose pour lui

Le mobi est un format Palm (.prc, .pdb) adapté. Donc c'est quelque chose qui te demande des outils complètement propriétaire pour lire et écrire dans ce format, et des outil spécifiques pour afficher/éditer à ce format, faire de la recherche textuelle multi-documents...
epub s'appuie sur des formats bien connus et publics: html 5, png, zip, pour lesquels il est nettement plus facile de modifier des outils existants pour les adapter à ce format.
epub est un format qui évolue assez vite, qui est orienté lecture sur écran et non pas impression (ie le contenu se repositionne en fonction de la taille de l'écran), et qui doit évoluer sur certains points [un modèle unifié pour le support des DRMs, afin de ne pas avoir d'incompatibilités, un modèle unifié pour les annotations, afin de pouvoir les transférer sans incompatibilités, un support de MathMl pour les formules mathématiques [il a fallu attendre pas mal d'années pour que ce soit OK avec les principaux browsers, ça commence à l'être avec IE et FF, chrome est à la traine sur ce point] , mais qui convient déjà parfaitement pour lire des romans (qu'on n'annote pas, de préférence sans DRM, et sans formules de maths).
 
La conversion calibre est bonne, mais le HTML généré est un poil verbeux (des classes sur chaque tag pour le style alors que ça pourrait être fait au niveau du style global), sur des documents test, j'ai diminué la taille de 10% à 20% en supprimant cela.
 
Un pour prendre un exemple, je veux rechercher dans 500 bouquins epub ceux contenant un mot précis, avec les outils existant (script perl avec module Archive::zip, modules HTML), je peux facilement faire cela, avec 500 bouquins mobi, c'est faisable aussi (script perl, modules Palm::PDB, Palm::Doc...) mais avec un peu plus d'effort, car le format est moins courant que le HTML.  
 
A+,