Autre possibilité, le manuscrit est un canular échafaudé pour réaliser une escroquerie, ou une élucubration de quelque fou érudit. Sa complexité linguistique semble infirmer cette théorie. Outre la répétition de mots, on observe de fortes régularités dans leur structure même. La syllabe qo, très fréquente, ne se rencontre qu'en tête d'un mot. La syllabe chek peut apparaître au début d'un mot, mais quand la syllabe qo est aussi présente, elle la précède toujours. La syllabe dy apparaît habituellement en fin de mot, parfois au début, mais jamais au milieu. Une combinaison aléatoire de syllabes ne produit pas autant de régularités.
Le voyniche est aussi beaucoup plus complexe que tous les langages pathologiques connus dus à des troubles psychologiques ou à des lésions cérébrales. Même si un fou avait inventé une grammaire et une écriture correspondante, le texte obtenu ne présenterait pas les propriétés statistiques du manuscrit de Voynich. Les longueurs des mots du voyniche, par exemple, suivent une distribution binomiale: les mots les plus courants comptent cinq à six caractères et la fréquence des mots de longueur différente de cette valeur décroît fortement, dessinant une courbe en cloche symétrique. Cette distribution est très rare dans les langages humains. La répartition des longueurs des mots y est plus étalée et asymétrique, les mots relativement longs étant assez fréquents. Il est très improbable que la distribution binomiale du voyniche soit une propriété délibérée, car ce concept statistique n'a été inventé que plusieurs siècles après la rédaction du manuscrit.