Disons qu'avec des freins en bon état et un ABS, ça risque d'être identique, sauf que la transmission en prend un coup si n n'est pas au point mort.
Sans ABS en bloquant les 4 roues, c'est pareil aussi, sauf qu'on cale le moteur
Sans ABS en dosant correctement le freinage à la limite du blocage, si la répartition du freinage est bonne, on risque de mieux freiner sans frein moteur, dans le cas inverse on risque de boquer les roues avant sans avoir atteint la puissance maximale de freinage à l'arrière.
D'un autre côté, garder le moteur embrayé (même à un régime modéré) donne de l'inertie aux roues avant, ça peut aider à éviter une amorce de blocage (qui peut provoquer un blocage définitif ou difficile à arrêter).
Sans ABS et avec des freins insuffisants pour être à la limite du blocage, le frein moteur aidera à freiner + fort.
Bref, c'est difficile de généraliser. Je dirais juste qu'avec un bon ABS il vaut mieux débrayer pour préserver la transmission s'il n'y a pas de risque d'accident, et ne pas débrayer en cas de risque d'accident (l'inertie aide l'ABS à être + progressif).
Par contre, rétrograder violemment pendant un freinage d'urgence donne le choix entre bloquer les roues avant ou devoir relâcher le frein un instant (de trop).
 
La seule chose que je reproche à une boite auto, c'est son prix et sa surconsommation, (qui va avec une perte de performances), tant qu'on peut choisir de forcer au moins les 3 premiers rapports (pour le frein moteur hors situation d'urgence ou pour anticiper un dépassement).
Et puis le fait qu'il y a souvent moins de rapports que sur une boite manuelle.
Mais l'avenir est sans boite, comme la prius, avec la possibilité de choisir le régime à volonté  
 
En attendant, j'ai lu que renault/nissan préparait une transmission CVT avec peu de frottements, s'ils arrivent à dépasser le rendement d'une boite manuelle (en consommation et performances), ça peut être très sympa en dehors des villes. Et s'il y a une marge de manoeuvre suffisante pour abaisser le régime suffisemment pour tourner avec les cylindres remplis à partir de 90 km/h, ça peut aussi être une bonne alternative à l'hybride pour ceux qui roulent peu en ville.