Globalement, les 3xxx et 5xxx sont très, très proches. Il n'y a que quelques détails qui les différencie car le capteur est le même et tu mets les mêmes optiques dessus.
Le gros avantage des 5xxx c'est l'écran orientable. Cela permet de prendre certaines de photos ou vidéos plus facilement (au dessus d'une foule, au ras du sol...).
Sinon, c'est au niveau de la vidéo qu'il y a quelques différences notables. Les images sont plus fluides avec les 5xxx (2 fois plus d'images par seconde il me semble), qui ont également un son stéréo (mono sur les 3xxx). Par contre pour la photo c'est kifkif. Tu as plus de points d'autofocus sur les D5xxx mais si tu shoot en manuel t'en a rien à faire vu que t'en utilises qu'un de toute manière. 
Il y a surement quelques autres petites différences que j'ai oublié mais si c'est le cas, c'est que cela ne doit pas être vital. 
Si j'ai choisi le D5200 (kit 18-105mm) et pas un D3xxx c'était très clairement pour l'écran orientable et la vidéo (comme j'en fait très peu, cela m'évite d'acheter une caméra...). De plus, la différence de prix n'était pas énorme avec les D3xxx à ce moment là. Donc quitte à lâcher pas mal d'€, autant que ce soit pour du matos le plus polyvalent possible afin de pouvoir en profiter le plus possible sans ressentir trop vite de limites (et donc sans avoir envie d'acheter encore plus). 
Mais sinon le D3300 c'est très bon également. Tes photos n'auront strictement rien à envier à des D5xxx. 
Par contre à ta place (juste pour chipoter
) j'aurais pris un 18-105mm. Tu verras vite les limites de ton 18-55mm et tu devras acheter un nouvel objectif pour compenser. Le 18-105mm est franchement très polyvalent. C'est celui que j'utilise le plus. Pour les autres, c'est pour des photos plus spécialisées (genre mon Tamron pour la Macro). Mais ça reste du Nikon, donc c'est bon. 
C'est la bonne période pour les photos en ce moment. Profite bien. 
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