Limitant, pas tant que ça (LR impose la même restriction me semble t'il).
L'idée, c'est qu'à partir du moment où tu passes par un protocole de communication en réseau (via Ethernet/WiFi), tu peux avoir des pertes de données lors de la communication ("paquets" ). Si ta photothèque, qui est une Base de données, ne reçoit pas toutes les infos lors des mises à jour, c'est la corruption assurée. D'où la limitation.
 
Après, c'est sur qu'en mode "géré", c'est un peu plus embêtant. Après, il est très simple de passer en mode référencé (si tu le veux) sans aller fouiller dans la photothèque via "Afficher le contenu du paquet". Tu sélectionnes toutes tes photos, relocaliser les fichier, et tu choisis sous quelle structure tu veux qu'ils soient relocalisés (ca peut te générer une structure par date, avec dossiers/sous-dossiers, avec les noms des projets si tu veux...etc). Et bien entendu, ça te modifie pas ton organisation dans Aperture. Juste que tes fichiers sont rangés ailleurs sur le disque