En fait, c'est comme tu veux.
Ce que je trouve le plus simple (quelquesoit l'endroit où se trouvent tes images):
 
- tu lances le dialogue d'importation d'Aperture (cmd-shift-I)
- tu choisis la source (l'endroit où sont tes images: disque dur, APN connecté...)
- tu choisis quoi en faire ("stocker dans" ): phototèque Aperture (mais ça tu ne veux pas, tu en es justement sorti ), dossier, ou laisser les images où elles sont.
- si tu choisis dossier, tu peux lui spécifier comment les ranger dedans (dossiers/sous-dossiers en t'appuyant sur des dates, noms...etc comme le relocate masters): note que là, tes images seront déplacées vers cet endroit là.
- tu choisis soit d'importer dans un nouveau projet avec un nom que tu spécifies, soit dans un projet existant
- tu n'oublies pas, si tu veux, d'ajouter des metadata / paramètres de développement dès cet import, ce sera du temps de gagné par la suite.
 
Si jamais tu as pour habitude d'importer autrement tes photos sur ton disque dur, en passant par un soft tiers (nikon transfer par exemple...), tu peux choisir "Importer des dossiers comme projets": tu choisis les dossiers que tu veux, et ça te crée une structure de projet/dossiers/sous-dossiers en fonction de la structure de tes images sur le disque. Dans ce cas là, tes images resteront là où elles étaient avant.
 
En fait, en regardant les tutoriels d'Aperture (sur le site d'apple, ou sur aperture.fr), ou même le manuel (le pdf énorme filé avec), tout est vraiment bien décrit