A moins d'avoir des pdc identiques dans les deux "branches", oui ça sera un problème.
L'eau, comme le courant électrique, choisi le chemin le plus facile... et donc la branche avec le moins de pdc aura plus de débit au détriment de l'autre.
Si tu as deux pompes, autant faire 2 circuits séparés (mais ça implique deux rads distincts).