Salut.
Malheureusement, le passage en mini-itx va se traduire par une augmentation de bruit. Tu auras moins de surface mais il faut au moins autant d'air. Donc, à mon avis, il te faut des rads pas très épais (de toutes façons tu peux pas forcément mettre beaucoup...) et des ventilos avec un très gros flux mais aussi un peu plus de pression statique qu'à l'accoutumée...
En fonction de ton boitier, il faudra certainement les mettre tous en extraction (tu prends l'air du dedans que tu mets au dehors). Si tu fais l'inverse, j'ai peur que tu mettes tout en "surpression" et qu'au final tu n'ai pas assez d'air qui traverse. Dans le sens dedans -> dehors ça va forcément rentrer même par là où on ne s'y attend pas.
Par contre, avec tout le bazars, l'organisation des câbles, ça va être chaud patate!  
Bon courage. @+