J'ai eu le même type de pb avec un script qui ouvre un xls fait des modifs et enregistre en csv.  
Le script se lancait mais Excel ne démarré pas je crois, ou l'exe rester bloquer je sais plus.
 
Je suis passé par le registre pour cocher interagir avec le bureau, voir la clé
HKEY_LOCAL_MACHINE\SYSTEM\CurrentControlSet\Services\schedule
modifier la valeur dword type et ajouter 0x00000100 par exemple pour 0x00000020 il faut mettre 0x00000120.
Au reboot la case interagir avec le bureau était bien coché.
Nénamoins cela n'avait pas résolue entierrement mon problème car le compte système utilisé pour executer le service n'a pas de bureau, j'ai du rajouté le dossier :
C:\Windows\SysWOW64\config\systemprofile\Desktop ,
 
 
Voir
 
http://translate.googleusercontent [...] JqZsniB3gQ
 
Et après cela mon script s'executait sans problème.