Principalement au niveau de la distribution des paquets. Pas de test "rigoureux" des packages (les paquets passent quasi direct sur les version serveurs, un peu comme du fedora sauf que c'est défini clairement pour cet environnement   ) et les "main repository" d'ubuntu ne contiennent pas énormément de paquets donc des que tu as besoin de sortir de la tu passes sur des depots "universels" ou tu n'as pas de garanti sur la sécurité et les update dessus...
 
Et également ca embarque tellement de choses inutiles pour un serveur comparé à un centos de base que tu perds du temps à tout nettoyer lors de la préparation des templates ou déploiement
 
Mais ce n'est que mon avis