Non, c'est pas des machines virtuelles, il y aurait trop de pertes de perfs. C'est le serveur web lui-même (apache, iis, etc) qui permet de mettre plusieurs sites web sur un même service (virtual hosts), en fonction des requêtes il envoie le site que le client demande. Pareil pour les bases de données : un serveur de bases de données, plein de bases dedans.
Pour 45€/mois, effectivement, tu peux avoir un serveur dédié rien que pour toi tout seul.