Lu Tom,
 
Windows 2003 server te permettra de monter le serveur que tu veux, avec les services que tu souhaites, son avantage, c'est la facilité de configuration et de gestion. Pour un utilisateur qui ne connais pas Linux, monter tout ça avec une distribution Linux, même récente, s'avérera plus difficile à comprendre et prendra certainement un peu plus de temps.
 
MAIS : Linux est gratuit, Windows 2003 server est cher, ce qui peut faire pencher la balance... (comme tu l'as dit plus bas
 

 
Si tu achètes Windows 2003 server mais qu'ensuite tu ne souhaites plus t'en servir, tu auras quand même bien dépensé pour rien, alors que si tu essaies d'abord Linux, tu auras appris un peu plus en informatique, pour quelques heures mais pas un rond
 
Voilà mon avis, ensuite tout est question d'envie, d'utilité et de portefeuille.