La freebox propose nativement un bloqueur de pub.
Si tu préfères utiliser un service qui joue sur la résolution DNS, et bien tu souscris à ce service ou tu le montes en local sur du Linux.
Après tu fais pointer tes matériels dessus. Soit en fixe, soit via le DHCP de la Freebox (après avoir modifié ses paramètres).
 
Mais j'ai toujours du mal à comprendre tes formulations ...
Une "box peut avoir Pi-Hole via Debian" ne veut pas trop dire grand chose.
Une box c'est un routeur vers Internet. Tu ne lui installeras pas dessus un linux et un pi-hole.