ça parle de la partition système, pas de la partition de boot.
Une partition système peut faire 100, 200 Go ou plus.  
C'est un poil mieux qu'une partition système soit au début du disque mais ça ne changera pas grand chose. Parce que si un disque dur est bien plus rapide au centre du disque, c'est sur les gros fichiers uniquement. Et une partition système, c'est plein de petits fichiers. Et là le gain est nul.  
Tu as gratter 1 ou 2ms de temps d'accès, et c'est à peu près tout.

 
La part système (disk 1 part 1 chez toi ) à copier contient les fichiers et dossiers nécessaires au boot ,si celle-ci  n'est pas présente  
 
sur le disque cible tu ne pourras pas booter au niveau bios sur ce disque d'où l'avertissement d'aomei back, tu pourras par contre démarrer  
 
ton os cible à partir de la partition système du disque source , cas typique du dual boot .
 
Tu peux corriger ce problème en recréant ces fichier/dossiers dans la part de l'os cible par une commande bcdboot ultérieure.