Oui, d'où mon point sur la réinstallation, car on présente le disque correctement à Windows, sans interférence lié au clonage.
D'ailleurs, je pense que le logiciel de clonage fonctionne à base de dd et créé une image ISO. Lors de la restauration, le logiciel doit faire des contrôles sommaires de capacité etc etc.. Mais je ne pense qu'il aille s'amuser à configurer les paramètres internes du FS en fonction du disque cible, il doit juste recracher l'image dessus.